審計部查核發現，我國推動生物多樣性相關計畫內容尚未完全契合「生物多樣性公約」，且經費規模及執行進度未妥為控管，進度落後或成效未如預期者，亦乏督導機制，又各機關有關生物多樣性辦理成果之資訊，尚待整合及揭露等，經函請行政院督促研謀改善，行政院國家永續發展委員會(以下簡稱永續會)生物多樣性分組將持續參酌相關國際公約，據以修訂國內之推動工作，並召開檢討會議協調相關部會於民國(下同)104年增列預算經費欄，及填寫量化績效指標；另行政院農業委員會(以下簡稱農委會)林務局已規劃相關計畫，協調各部會之生物多樣性資訊，提升資訊透明度，並達成資訊內容一致性。
世界各國逐漸認知，地球上一切生命體及生物組織所維持之多樣性，對於人類之各層面均具極大價值，爰發展出「生物多樣性」概念，視為人類永續發展之重要基礎；西元1992年各國於巴西簽署「生物多樣性公約」，更揭示對於永續發展之努力及重視。行政院爰於90年8月核定「生物多樣性推動方案」，另永續會於91年12月通過「永續發展行動計畫」中，訂有推動生物多樣性保育、管理等措施，以實踐生物多樣性及永續發展之目標。經審計部查核發現，我國推動生物多樣性相關方案計畫未完全契合「生物多樣性公約」之內容，又農委會係永續會生物多樣性分組之協調推動機關，惟未就該分組之計畫經費規模及執行進度妥為控管，且對進度落後或成效未如預期者，亦未建立督導機制；另有關生物多樣性之執行成果，係將各機關提供之資料彙總公布，未就議題分別呈現，乏使用友善性，且各物種資料庫之物種數量間有出入，未整合劃一，經函請行政院督促研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，永續會生物多樣性分組將持續參酌「生物多樣性公約」之相關工作事項，據以修訂國內之推動工作，並於103年12月8日召開工作檢討會議，協調相關部會於104年增列預算經費欄，以彙總整體經費，及填寫量化之績效指標；農委會林務局104年度已規劃辦理「國家生物多樣性監測與報告系統規劃」計畫，將協調各部會配合提供相關資料俾公開生物多樣性相關資訊，提升資訊透明度；農委會林務局亦與中央研究院執行「臺灣物種名錄資料庫」等計畫，以建立其權威性，透過部會合作與宣傳，達到物種數量之一致性。