審計部查核發現，行政院公營事業民營化基金(下稱民營化基金)未如預期獲取台灣國際造船公司(下稱台船公司)繳交之盈餘回饋金額，經審計部促請檢討，該公司已於民國(下同)105年9月8日按基金預估數繳交1億5,000萬元，充裕基金收入。
依行政院97年3月28日函示：台船公司民營化年資結算金不足金額，擬由民營化基金支應15億元為上限，為建立公營事業民營化企業回饋民營化基金之機制，台船公司應在有盈餘之情況下，在不低於民營化基金為台船公司支付之結算金額度內，分10年回饋該基金，以充實民營化基金財源。審計部查核發現，該基金依行政院上開函示於98年2月16日撥充15億元予台船公司，並預估該公司自99年度起每年繳交盈餘回饋金額1億5,000萬元。該公司於97年12月22日移轉民營後，雖於99至101年度按基金預估各繳交盈餘回饋金額1億5,000萬元，惟自102年度起因盈餘相對減少，該基金卻允由台船公司每年僅約按盈餘10％繳交盈餘回饋金額，導致該基金6(99至104)年度獲取台船公司繳交盈餘回饋金額6億850萬元(詳附表)，較預估金額9億元，減少2億9,150萬元，約32.39％。又據該公司於網站公布之104年度會計師查核報告，該公司104年度獲有盈餘4億6,815萬餘元，亦僅預計繳交盈餘回饋金額4,000萬元予民營化基金，難以達成上開行政院函示，於10年內回饋不低於15億元之要求，經函請行政院檢討妥處，以確保該基金能獲得足額回饋。
嗣經審計部追蹤改善結果，經濟部已函請台船公司爾後應每年足額回饋民營化基金，台船公司104年度盈餘回饋金額，業於105年9月8日按基金預估數繳交1億5,000萬元，充裕基金收入。