審計部查核發現，行政院環境保護署（下稱環保署）致力於農地污染改善整治工作，惟因農地污染主要係灌溉水體經年累月受到事業廢水排放，長期引灌所致，該署未適時針對事業排放廢（污）水之放流水標準較灌溉用水水質標準寬鬆情形妥為處理，且因部分農業區灌溉用水與排水系統未確實分離，致仍頻傳農地污染事件，經函請行政院督促改善，環保署已採行具體改善措施。
水污染防治法第7條規定：「事業、污水下水道系統或建築物污水處理設施，排放廢（污）水於地面水體者，應符合放流水標準。前項放流水標準，由中央主管機關會商相關目的事業主管機關定之，其內容應包括適用範圍、管制方式、項目、濃度或總量限值、研訂基準及其他應遵行之事項。直轄市、縣（市）主管機關得視轄區內環境特殊或需特予保護之水體，就排放總量或濃度、管制項目或方式，增訂或加嚴轄內之放流水標準，報請中央主管機關會商相關目的事業主管機關後核定之。」環保署雖已就事業、污水下水道系統及建築物污水處理設施訂定放流水標準，惟放流水標準遠較行政院農業委員會訂定之灌溉用水水質標準寬鬆，【例如重金屬項目，灌溉用水水質標準較放流水嚴格2.5至20倍(表1)】，囿於部分農業區灌溉與排水系統尚未確實分離，事業單位排放廢水倘經由搭排流入灌溉渠道，縱未符灌溉用水水質標準，因符合放流水標準，環保稽查人員仍無法開單取締，環保署未就其差異適時研修放流水標準，使座落於農業區之事業放流水標準與灌溉用水水質標準趨於一致，雖長年稽查排放廢水是否符合放流水標準，仍無法遏阻農地遭污染情事發生，審計部經於民國(下同)102年6月間函請行政院督促改善。
案經審計部追蹤改善情形，環保署已於105年1月6日修正加嚴放流水標準及排放許可審查辦法，針對放流水排放至經直轄市、縣（市）主管機關公告之應特予保護農地水體之排放總量管制區內之特定承受水體者，依不同之級別加嚴鎘、總鉻、六價鉻、銅、鋅及鎳等六項重金屬之管制限值；另分別於105年2月2日及5月17日協助桃園市政府、彰化縣政府完成特予保護農地水體總量管制區之劃設及公告等。