審計部臺灣省嘉義市審計室(下稱嘉義市審計室)查核發現，嘉義魚市場股份有限公司魚貨多數採人工拍賣且拍賣競價器管理未盡周延，經促請檢討改善，已全面改採電腦拍賣並訂定拍賣競價器管理規章，促進作業效率及公開公平交易。
該公司民國(下同)81年改制以公營公司組織型態經營後，係以人工方式從事魚貨拍賣作業，87年6月改以人工及電腦雙軌辦理魚貨拍賣。電腦拍賣現場係由各承銷人以競價器輸入價格後，透過拍賣系統逕行競價，並由拍賣鐘顯示即時交易價格。嘉義市審計室歷年查核發現，該公司每月平均交易金額8,252萬餘元，其中僅有30％至40％之養殖魚類、虱目魚等魚貨採電腦拍賣，其餘遠洋、沿海等魚貨均採傳統人工拍賣，徒增人工成本及輸入錯誤情事；另因未訂定競價器使用及管理規範，發生競價器借予他人使用，肇致一個承銷人同時操作多個競價器等競價不公情事，經於102年5月29日函請檢討改善。
嗣經嘉義市審計室追蹤改善情形，嘉義魚市場股份有限公司已於103年11月間訂定「嘉義魚市場拍賣競價器管理規章」，明訂拍賣競價器申請資格、程序、流程及領用等規定，規範承銷人辦理競價事宜，導正拍賣秩序；並於104年8月間全面改採電腦拍賣魚貨。經該公司統計，自104年9月迄105年8月底，電腦拍賣交易總金額10億751萬餘元，促進公開公平交易。