審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，臺南市政府環境保護局(下稱環保局)列管非法棄置場址48處，其中32處已查獲污染行為人，卻未辦理污染場址調查並督促清理，經函請檢討改善，已完成全數污染場址調查，經確認11處已無廢棄物或未達列管要件，另督促義務人完成9處、代履行完成2處清理作業，總計解除列管22處場址，面積約21.06公頃，並編列經費優先辦理有害事業廢棄物清理作業，以改善市民生活環境品質，維護土地永續利用。
依環境基本法第4條第2項、第3項規定略以，環境污染者、破壞者應對其所造成之環境危害或環境風險負責；污染者、破壞者不存在或無法確知時，應由政府負責。根據行政院環境保護署廢棄物非法棄置案件管理系統資料，民國(下同)103年底臺南市列管48處非法棄置場址，面積計45.02公頃。臺南市審計處104年初調查發現，該48處場址已查獲污染行為人者有32處，未查獲污染行為人者16處，惟環保局未編列經費辦理污染場址調查，確認廢棄物種類及範圍，儘速督促污染行為人或義務人清理，或依權責代履行清理作業，經函請檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤後續改善結果，截至105年7月底止，環保局已完成48處場址汙染情形調查，其中11處經採樣及驗證確認已無廢棄物或未達列管要件，面積5.20公頃；督促污染行為人或清理義務人完成清除9處場址，清理廢棄物13,881.93公噸，面積5.00公頃；另代履行清除2處場址，清理廢棄物10.94公噸，面積10.86公頃，合計解除列管22處場址，面積21.06公頃，比率46.78％。其餘列管場址，該局亦將賡續督促清理，105年度已編列2千萬元經費優先代履行清理有害事業廢棄物場址，以改善市民生活環境品質，維護土地永續利用。