審計部臺灣省彰化縣審計室(下稱彰化縣審計室)查核發現，彰化縣轄內部分水污染事業，遷移工廠廠址或另行成立分廠，並未辦理工廠登記，彰化縣政府卻未依工廠管理輔導法相關規定稽查，致業者違規營運並排放廢水，經促請研謀改善，已依法勒令部分業者停工及錄案列管追蹤，並定期透過未登記工廠聯合矯正小組，加強縣轄內未登記工廠稽查，以遏止地下工廠違法排放廢水，避免影響農田灌溉水質。
依據工廠管理輔導法第10條、第16條及第30條規定，工廠設廠完成或遷移廠址，應經主管機關(市縣政府)核准登記後，始得從事物品製造、加工，否則主管機關應令其停工並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次連續處罰。彰化縣審計室民國(下同)104年10月查核發現，彰化縣轄內截至104年9月底止列管之水污染事業計2,070家，其中部分存有事業遷移工廠廠址或另行成立分廠情事，並未辦理工廠登記，該府未適時稽查工廠設置適法性，致業者違規營運排放廢水，影響農田灌溉水質，經函請檢討改善。
嗣經彰化縣審計室追蹤改善結果，截至105年6月底止，據彰化縣政府查處結果，已透過該府跨局處成立之未登記工廠聯合矯正小組加強稽查，計查獲未登記工廠43家，裁罰金額84萬餘元；遷移工廠廠址或另行成立分廠，卻未辦理工廠登記業者計7家，已悉數辦理停工，並依情節限期要求完成工廠登記及錄案追蹤有無復工情事。有助於遏止地下工廠違規營運並排放廢水，避免影響農田灌溉水質。