審計部桃園市審計處(下稱桃園市審計處)查核發現，桃園市政府環境保護局(下稱環保局)辦理桃園藻礁污染源督察管制計畫，列管污染源業者未全部稽查，亦未依計畫按季對重大違規業者進行查核，經促請檢討改善。該局已加強重點稽查及依法裁處，並持續查驗業者污染防制措施，落實公權力執行，以維護珍貴藻礁自然生態環境。
環保局為維護桃園地區海域水質暨桃園濱海特有生態地形藻礁，民國(下同)101年4月起與行政院環境保護署共同執行桃園藻礁污染源督察管制計畫，每年度均針對該區域列管污染源進行稽查管制。桃園市審計處於104年8月查核發現，該局於103年1月至104年8月間雖對列管之439家污染源業者執行稽查作業，惟其中73家業者均無稽查紀錄，另對於重大違反水污染防治法業者，並未依該管制計畫規定，每季至少辦理1次查核，經函請該局檢討改善。
嗣經桃園市審計處追蹤改善情形，環保局截至105年6月底止，已全數完成73家業者稽查，並依法告發裁處16家違規業者，裁罰金額共計695萬餘元，並列入重點稽查對象，以掌握改善情形；另持續列管重大違規業者，按季辦理查核，定期抽驗水質並查驗其污染防制措施及運作功能。經統計105年度1至6月，稽查業者違規告發案件數107件，較上年度同期減少66件，約38.15％；又位於該區域小飯壢溪、樹林溪、富林溪等水質監測結果，105年度第2季化學需氧量(COD)每公升分別為19、92、35毫克，亦較上年度同期監測值36、177、52毫克，呈下降趨勢，當地水質獲得改善，桃園藻礁沿岸沙灘已出現過去少見的花蛤及海蟑螂，藻礁生態較以往豐富。