審計部新北市審計處(下稱新北市審計處)查核發現，新北市政府未依規定將捷運建設計畫規劃納入租稅增額財源(Tax Increment Financing ,TIF)之各稅目增額稅收(下稱租稅增額收益)，撥入新北市軌道建設發展基金專戶，經函請檢討改進，該府捷運工程局已於民國(下同)105年編列歲出預算，將租稅增額收益5.1億元挹注軌道建設發展基金，以確保基金永續經營。
行政院於101年7月24日核定之跨域加值公共建設財務規劃方案規定，地方政府應將增額稅收收益，逐年編列歲出預算撥入基金專戶。新北市政府為推展新北市軌道系統規劃建設、營運管理及辦理後續土地開發等事宜，於100年間成立新北市軌道建設發展基金，並依上開財務規劃方案規定，規劃將租稅增額收益，逐年編列歲出預算，以挹注計畫經費。新北市審計處於104年4月間查核發現，該府未依上述規定將相關捷運建設計畫之租稅增額收益，逐年編列歲出預算，並撥入基金專戶，不符上開財務規劃方案規定，經函請檢討改進。
嗣經新北市審計處追蹤結果，新北市政府捷運工程局已於105年編列歲出預算，將租稅增額收益5.1億元挹注新北市軌道建設發展基金，後續年度將賡續依規定逐年編列歲出預算撥入基金專戶，以確保基金永續經營。