審計部查核發現，部分農漁會信用部資本適足率或逾期放款比率未符法定標準，風險承擔能力或放款品質欠佳，不利永續經營，經函請行政院農業委員會農業金融局（下稱農金局或該局）督促研謀改善，該局已加強監理及推動相關輔導措施，改善農漁會信用部經營體質，維持農業金融穩定發展。
農金局為避免農漁會信用部操作過多風險性資產，影響經營安全性及財務健全性，規範信用部資本適足率不得低於8％；另該局為督促農漁會信用部妥適管控授信業務風險及維持資產品質，要求信用部逾期放款比率超逾15％者，須由主管機關及全國農業金庫股份有限公司組成之輔導小組進行整頓。審計部查核發現，農金局民國（下同）93年成立後，93年底資本適足率或逾期放款比率未符法定標準之農漁會信用部計有79家及132家，分別占農漁會信用部總家數之28.32％及47.31％，信用部整體經營體質欠佳，不利永續經營與發展，經多次函請該局加強監理並輔導改善，以健全農漁會信用部財務業務體質。
嗣經審計部追蹤改善情形，農金局已陸續採行限制信用部盈餘應全數提撥為事業公積、放寬資本適足率較佳信用部業務範圍以激勵充實資本，及處理經營不善農漁會信用部等監理措施，並派員會同地方主管機關及全國農業金庫股份有限公司實地訪查、舉辦金融專業訓練課程等，輔導農漁會信用部積極催繳清理逾期放款、轉銷呆帳，暨加強徵、授信作業及貸後追蹤。104年底資本適足率或逾期放款比率未符法定標準之農漁會信用部已降為16家及1家，分別占農漁會信用部總家數之5.18％及0.32％，整體經營體質已有改善，有效協助農漁會信用部健全經營，並維持農業金融穩定發展。