前臺南縣政府環境保護局(縣市合併後業務由臺南市政府環境保護局辦理)為解決安定區域性垃圾衛生掩埋場及佳里、西港、麻豆、善化、新化、關廟、歸仁、仁德等8鄉鎮(縣市合併後改為區)垃圾掩埋場滲出水處理需要，耗資1億4,845萬餘元興建安定區域性聯合滲出水集中處理廠，於90年12月26日動工興建，94年8月11日完成試運轉驗收，正式啟用。各年度之操作維護、營運管理及監督，採「臺南縣安定區域性滲出水處理廠委託操作維護與營運管理作業計畫」及「臺南縣安定區域性滲出水處理廠委託操作營運監督與清運滲出水作業計畫」2案分別委外辦理。惟94年8月完成驗收迄99年7月底，平均日處理量約僅原設計平均處理量之23.69％，原規劃與實際營運產能差距懸殊，鉅額投資效能偏低。審計機關職司財務效能之考核，審計部臺南市審計處為瞭解臺南市安定區域性聯合滲出水集中處理廠興建、使用及管理情形辦理專案調查，另由審計部調查本案補助機關行政院環境保護署之經費審查及督導考核情形，案經查證結果，核有未盡職責及效能過低情事，促請臺南市政府及行政院環境保護署檢討改進，嗣經該廠朝環保署積極輔導之「水肥為主，滲出水為輔」營運方向轉型，以達成原設計興建之量能，並訂定臺南市政府環境保護局水肥處理設施進場管理及管制作業要點及臺南市代處理水肥收費辦法，大幅提升該廠產能利用率。