審計部查核發現，衛生福利部國家中醫藥研究所(下稱中醫所)辦理國家藥用植物園興建計畫，於投入7千餘萬元興設部分園區設施後，即未再有進展，且任令已完成設施損壞及大面積國有土地閒置逾10年。經函請檢討改善，該所已開放部分園區供教學研究申請，並改善損壞設施，及落實園區維護管理等。
中醫所為利用國內農業改良之技術，引進各種重要中藥草木在臺灣栽培，以確保穩定且品質優良中藥材之來源，於民國(下同)84年7月經行政院核定興設國家藥用植物園，86年1月獲同意撥用新北市平溪區石底段約161公頃之國有土地，並自87年度起連續6年編列預算共計1億1,400萬元，先行辦理園區步道、水土保持設施等工程。審計部查核發現，該所於92年間完成水土保持設施及部分園區步道後，即因已施作完成之步道侵入民地，衍生與承商間之履約爭議與訴訟而長期停工，且其後未再賡續辦理該工程，計畫自此全面停擺，原希發展品質優良中藥材等預期效益遲未能達成，且任令已完成設施損壞及大面積國有土地長期閒置。經函請衛生福利部督促該所研謀改善。
案經審計部追蹤改善結果，該所為活化閒置設施，已於104年3月開放部分園區供藥學、農藝等學系教學研究申請，並與特有生物研究保育中心合作，就園區生物資源辦理調查研究；並針對不符水土保持規定之園區設施，於104年6月發包辦理改善，同時加強查核委外環境維護廠商履約管理情形，以落實園區維護管理；又為加強園區教育功能，已於104年度針對一般民眾及學生辦理13場導覽活動。