審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市、縣合併後，地方稅務稽徵事權未實質統一，仍分設高雄市西區、東區稅捐稽徵處各自辦理合併前原高雄市、縣轄區之稅捐稽徵業務，經促請研謀改善，已於民國(下同)104年7月1日整併為高雄市稅捐稽徵處，並縮減員額編制，每年可減少人事費約653萬餘元。
依高雄縣市合併改制計畫規範：改制後機關設置原則依高雄縣市目前組織現況進行調整改制，業務屬性相同或相近者改制。高雄市審計處自101年度起查核發現，高雄市、縣於99年12月25日合併後，各業務屬性相同或相近之局處或單位，如高雄市政府衛生局與高雄縣政府衛生局，或高雄市政府地政處與高雄縣政府地政處等，均已整併，惟高雄市稅捐稽徵處及高雄縣政府地方稅務局，卻分別更名為高雄市西區稅捐稽徵處及高雄市東區稅捐稽徵處，各自獨立辦理合併前原高雄市、縣轄區及轄管各分處之稅捐稽徵業務，並同隸屬於高雄市政府財政局監督指揮，業務屬性與組織定位均相同，無明確整併期程，影響事權統一與人事精簡，迭經函請高雄市政府財政局研謀改善。
嗣經高雄市審計處追蹤改善情形，高雄市西區、東區稅捐稽徵處業於104年7月1日整併為高雄市稅捐稽徵處，預算編制員額自104年度之625人縮減為105年度之619人，每年可減少人事費約653萬餘元，事權實質統一，並縮減員額撙節人事支出。