審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，前高雄縣政府及高雄市政府水利局(下稱水利局)投入鉅額經費改善鳳山溪水質，卻未落實辦理污水下水道用戶接管作業，致大部分污水未經污水處理廠處理即排入鳳山溪，水質整治成效不彰，經函請高雄市市長查明妥適處理，水利局已強制用戶接管，並於沿岸新增多處截流設施，有效改善鳳山溪水質。
水利局為整治遭嚴重污染之鳳山溪，於民國(下同)94至100年間獲行政院環境保護署「河川及海洋水質維護改善計畫」補助辦理鳳山溪相關整治工程，該局另於101至103年自籌經費辦理「高雄市鳳山溪都市水環境營造計畫」，其中有關主河道水質改善部分，投入整治經費合計4億餘元。高雄市審計處102年12月查核發現，水利局辦理污水下水道用戶接管作業，未依據前高雄縣政府污水下水道用戶接管工程施工障礙物專案處理作業程序及高雄市用戶接管工程遇違章建築處理程序等規定，先行排除施工障礙，致尚未接管之5,300戶接管作業受阻，污水無法透過下水道系統輸送至污水處理廠處理即排入鳳山溪，水質整治成效不彰；又施設攔水堰及曝氣設施之河段，水質反更惡化，因無法改善而將耗資1千萬餘元之設施拆除，經函請高雄市市長查明妥適處理。
嗣經高雄市審計處追蹤改善結果，高雄市政府水利局已於103年12月重新修正高雄市政府污水下水道用戶接管違建處理作業程序，並同時強制用戶接管，通知用戶限期自行拆除違建物，逾期將由高雄市政府工務局依規定拆除，以完成用戶接管作業，另於鳳山溪沿岸新增完成12處截流設施，有效截流流入鳳山溪之污水，鳳山溪水質已獲改善；至施設攔水堰及曝氣設施未盡周延部分，已於104年11月17日查究原設計廠商設計疏失責任，依契約規定扣罰設計服務費66萬餘元。