審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，科技部補助國立中山大學購置海研三號儀器設備，惟設備遭竊多時該校未察覺，且延宕辦理財產報損作業，海洋儀器管理未臻周妥，經函請科技部會同教育部督促所屬檢討改善，該校業已訂定相關管理規範。
科技部為長期推動我國海洋科學與技術之發展，並落實支援學術研究及人才培育之目標，自民國（下同）72年起陸續籌建4艘研究船，其中海研三號交由國立中山大學管理營運。教育農林審計處查核發現，國立中山大學於86年7月購置shipek採泥器1臺，金額27萬餘元，重量約60公斤，平日鎖在碼頭邊貨櫃內，俟海研三號出航時始搬至船舶上使用，惟該校於100年12月將該設備暫置於船舶後甲板右舷吊車座旁，僅以帆布罩蓋未加鎖，肇致設備遺失；又海研三號未出海停靠於碼頭時，係由研究人員採24小時分2班輪值留守，惟未確實執行巡視工作，致失竊後11日始發現，發現後亦延遲1月餘始向警方報案處理，且逾2年仍未依規定辦理報損作業，該校顯未善盡管理人員責任，經分別函請科技部及教育部督促檢討改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善結果，科技部已嚴格督促落實儀器設備安全措施及加強執行年度盤點作業，並於研究船貴重儀器作業檢討會議中，責成各研究船管理單位加強督導；教育部所屬國立中山大學已訂定「海研三號研究船泊港期間儀器管理措施」及辦理加強財物管理人教育訓練，以加強儀器設備安全管理。