審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，各農產品批發市場之管理費及使用費收費標準不一，且間有未報經地方主管機關核定之情事，經促請行政院農業委員會(下稱農委會)本中央主管機關權責，督促各市縣政府全面清查轄管農產品批發市場之各項收費標準並輔導確實檢討改善，已有55處批發市場新訂或補正73項收費標準。
政府為確立農產品運銷秩序，調節供需，促進公平交易，於農產品市場交易法第27條、第28條及同法施行細則第23條規定，農產品批發市場管理費收費標準在中央主管機關核定費率內，報請直轄市、縣（市）主管機關核定收取；附屬設施使用費得依直轄市、縣 (市) 主管機關核定之標準收取。經教育農林審計處查核發現，各農產品批發市場之管理費收費標準不一，且部分市場管理費收費標準報請地方主管機關核定案文因年久佚失，已不可考，及附屬設施使用費收費標準間有未報經地方主管機關核定等市場收費規範未臻完備情事，經函請農委會本中央主管機關權責督促各市縣政府全面清查及落實批發市場之監督管理。
嗣經教育農林審計處追蹤改善結果，截至民國105年1月20日止，全國118處批發市場中，有55處批發市場由各該市縣政府核定新訂或補正73項交易場管理費或附屬設施收費標準（附表），以健全市場管理。