審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市政府環境保護局(下稱環保局)未善用全國建築管理資訊系統，比對建築工程開工申報資料，致未能察覺部分工程開工未申報，漏未開徵空氣污染防制費，經促請檢討改善，已補徵空氣污染防制費288萬餘元，並加強檢核機制，落實污染者付費原則。
空氣污染防制費收費辦法第5條及第7條規定，營建工程徵收之空氣污染防制費，營建業主應於開工前檢具登載工程類別、面積、工期、經費、涉及空氣污染防制費計算之相關工程資料及自行計算空氣污染防制費費額，向直轄市、縣(市)主管機關申報，工程資料改變時，一併檢具相關文件，向當地主管機關申報調整應繳納費額。高雄市審計處運用電腦稽核軟體查核，經與環保局列管民國(下同)100至103年8月31日止空氣污染防制費徵收案件22,774筆，與同期間「全國建築管理資訊系統」所載之建築工程開工申報案件3,377筆，相互勾稽結果，核有145筆工程案件漏未徵收空氣污染防制費，經函請查明妥處。
嗣經高雄市審計處追蹤改善結果，環保局已於104年度補徵上開漏未徵收之空氣污染防制費計179萬餘元，又賡續追蹤103年9月至105年2月底止漏未徵收案件，補徵109萬餘元，總計288萬餘元；並加強徵收案件建檔列管，確實與「全國建築管理資訊系統」資料相互勾稽，避免短漏徵營建工程之相關空氣污染防制費，以落實污染者付費原則。