審計部臺灣省嘉義市審計室(下稱嘉義市審計室)查核發現，嘉義市政府衛生局(下稱衛生局)未有效運用中央建立之防疫物資管理資訊系統，督管轄區醫院防疫物資與防護裝備儲備情形，致部分醫院儲備不足、延遲補足，安全儲備量迭有空窗期，影響整體傳染病防治之應變能力。經促請檢討改善，該局已增訂查核作業規範，並責成承辦人員善用該系統督管功能，詳實紀錄稽催，要求醫院落實管理，健全安全儲備機制。
按傳染病防治法第20條規定，主管機關及醫療機構應充分儲備各項防治傳染病之藥品、器材及防護裝備；另依衛生福利部訂定之「防疫物資及資源建置實施辦法」關於儲備及調度規定：醫療機構為應傳染病大流行之隔離需要，應自行預估防治動員30天所需求之防疫物資安全儲備量。嘉義市審計室民國(下同)104年5月查核發現，自103年起至104年5月計有5家醫院11次儲備不足情形，間有部分醫院延遲15至33天不等始補足安全儲存量，違反上開儲備規定，影響整體傳染病防治應變能力；又衛生局未善用中央建立之資訊系統查核轄區醫院儲備情形，經促請該局檢討改善。
嗣經嘉義市審計室追蹤後續改善情形，衛生局已於104年7月間訂定「防疫物資-防護裝備查核作業說明」，責成承辦人員善用該系統督管功能詳實紀錄稽催，並將查核醫院防疫物資，列為就地抽驗必要項目，且已函請轄區醫院落實管理物資安全儲備量。截至104年底止，各該醫院防疫物資均能在庫存不足當日補足安全儲備量，強化整體傳染病防治之應變能力。