審計部臺北市審計處(下稱臺北市審計處)查核發現，臺北市政府辦理部分促進民間參與公共建設案件，核有重複優惠減免民間機構應繳之土地租金，與促進民間參與公共建設公有土地出租及設定地上權租金優惠辦法(下稱租金優惠辦法)第3條規定未合，減損鉅額租金收入，經陳報監察院，業由該院糾正臺北市政府。
臺北市政府為獎勵民間投資，於民國(下同)93年1月12日訂定臺北市獎勵民間投資自治條例，規定投資人因投資案使用市有土地者，該府得提供興建期間免租金、取得使用執照之日起2至5年租金減半計收等優惠；另租金優惠辦法對於民間參與公共建設案件亦訂有土地租金優惠之相關規範，惟同辦法第3條規定：「已依其他法令規定優惠計收租金者，不得依本辦法規定優惠租金。」
臺北市審計處查核發現，該府辦理「市政府轉運站獎勵民間投資興建營運案」及「臺北車站特定專用區交九用地開發案」等兩件促參案件(民間投資金額分別約82億元、129億元)，除依租金優惠辦法所定優惠計收民間機構土地租金，復依臺北市獎勵民間投資自治條例規定，於民間機構取得建築物使用執照後3年期間，再予優惠減免其應繳之土地租金，與租金優惠辦法第3條規定未合，致該府短收租金收入計1億3,289萬餘元，經於104年4月30日陳報監察院，嗣經該院立案調查後，於105年2月5日糾正臺北市政府。(詳監察院公報第2987期)