審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府經濟發展局(下稱經濟發展局)未全面清查掌握轄內未登記工廠，並積極輔導補辦臨時工廠登記，經促請檢討改善，該局已協請各區公所全面清查並增加輔導補辦臨時工廠登記家數，另將未登記工廠清冊轉請相關權責單位納入管制，維護民眾公共安全。
鑑於未登記工廠屢引起食品安全、空氣污染等公共安全問題，經濟部將「輔導未登記工廠合法經營」列為政策方向，於民國(下同)99年6月2日修正工廠管理輔導法第33條及第34條規定，只要符合補辦臨時工廠登記要件，可在其後5年輔導期辦理正式工廠登記，並請各市縣政府加強輔導未登記工廠之辦理。經臺南市審計處查核發現，經濟發展局僅就人民陳情或檢舉查察之工廠列管，未全面清查掌握轄內未登記工廠，又輔導申請補辦臨時工廠登記雖有244家，惟有61家第1階段書面審查通過卻未辦理第2階段實質審查，該局迄未有積極輔導作為，經函請檢討改善。
嗣經臺南市審計處追踨改善結果，該局已於104年3月協請各區公所全面清查轄內未登記工廠，並積極輔導補辦臨時工廠登記，截至104年8月底止各區公所完成清查計有未登記工廠1,641家，其中1,150家已輔導申請補辦臨時工廠登記，又該局將未登記工廠分類建檔，屬高風險及高污染之工廠計226家，已列入優先稽查對象，其餘未登記工廠1,415家，每年進行稽查200家次；另於104年12月1日將未登記工廠清冊函轉消防局、工務局、農業局及環境保護局納入管制參考，俾強化未登記工廠之掌握與控管，維護民眾公共安全。