審計部查核發現，經濟部及工業局辦理產業創新活動補助計畫，未落實補助計畫審查作業，致衍生部分廠商以相同計畫重複請領政府補助款等情，經促請經濟部檢討改善，該部已收回重複補助款660萬餘元，並開發跨計畫申請案件比對系統，強化申請及審查階段之橫向聯繫及勾稽機制，另修正檢測流程管理機制，促進計畫資源妥適配置，俾政府資金充分發揮推動產業創新效益。
政府為促進產業創新，改善產業環境，提升產業競爭力，中央目的事業主管機關得依產業創新條例第9條第1項第1款規定，補助相關產業進行產業創新或研究發展。經濟部及工業局爰辦理「服務業創新研發計畫」、「小型企業創新研發計畫」、「協助傳統產業技術開發計畫」等3項計畫，民國101至103年度共計補助廠商辦理產業創新計畫5,400件，總補助金額30億餘元。審計部查核發現，部分廠商以相同計畫重複請領政府補助款、部分補助計畫工作項目相同，或部分補助計畫之執行內容及研發過程，與前年度補助計畫雷同，或不同廠商執行之補助計畫，其執行成果之委託檢測報告內容均相同等情，經函請經濟部檢討改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，經濟部已收回重複補助款660萬餘元，並開發跨計畫申請案件比對系統，於申請階段先行勾稽廠商是否以相同計畫內容同時申請不同類別之補助計畫，強化申請及審查階段之橫向聯繫及勾稽機制，另修正檢測流程管理機制，防範未落實檢測作業情事再度發生，可避免政府經費重複投入，促進計畫資源妥適配置，俾政府資金充分發揮推動產業創新效益。