審計部臺灣省嘉義縣審計室(下稱嘉義縣審計室)查核發現，嘉義縣政府未主動稽查未合法登記食品製造工廠，難以掌握其食品製造情形，以確保民眾食用安全，經函請檢討改善，已主動加強稽查及輔導等改善措施。
依工廠管理輔導法第10條第1項規定略以，工廠設廠完成後，應申請登記，經主管機關核准登記後，始得從事物品製造、加工。嘉義縣審計室查核發現，嘉義縣政府截至民國(下同)103年8月底止，列管民眾舉報並辦理稽查之未合法登記食品製造工廠56家，惟未針對歷年列管尚未完成改善，且具食安疑慮等高風險業者，依其影響公共利益程度，主動加強稽查及輔導改善，僅予以列管宣導，亦未清查尚未納管之未合法登記食品製造工廠，以掌握業者違規從事食品製造情形，難以確保民眾食用安全，經函請檢討改善。
嗣經嘉義縣審計室追蹤改善情形，嘉義縣政府自103年10月至104年度配合食安稽查小組優先稽查上開列管未合法登記食品製造工廠計27家，並主動稽(清)查未納管之未合法登記食品製造工廠24家，共計稽查51家，截至104年底止，勒令停工32家、輔導原址登記(補辦臨時工廠登記)6家、處以罰鍰5家(金額10萬元)、解除列管(非屬工廠管理輔導法範圍)8家，另於105年度將針對尚未完成改善，且具食安疑慮等高風險業者，優先篩選列為稽查對象，並積極清查尚未納管之未合法登記工廠，加強輔導及改善，以健全工廠管理及增進民眾食用安全。