審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府衛生局(下稱衛生局)未訂定藥品之調撥機制，所轄衛生所部分藥品逾有效期限仍予調劑、未依規定開立處方即調劑藥品予民眾，影響民眾用藥安全，經函請研謀改善，該局已修正藥品使用及管理作業規定，改善庫存藥品使用及效期管制作業，維護民眾用藥安全。
優良藥品調劑作業規範第41點規定略以，藥事人員於藥品調配或調製時應依處方指示，確認藥廠標示之藥品效期。臺南市政府衛生局所屬各衛生所藥品使用及管理作業規定第6點規定略以，藥師(藥劑生)應經常查對庫存，以防止藥品滯存或逾期失效。臺南市審計處查核發現，民國(下同)103年度衛生局所轄衛生所計耗資3,573萬餘元辦理藥品採購，其藥品使用管理情形，核有各衛生所醫師退休、離職後庫存藥品，因各衛生所間欠缺藥品調撥機制，未於效期前移撥其他單位使用，或要求廠商更換，致部分藥品逾有效期限；另部分衛生所藥品過期仍調劑予民眾；部分衛生所未經醫師看診並開立處方，即調劑藥品予民眾，影響民眾用藥安全，經通知衛生局檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，衛生局已銷毀過期藥品，並於104年3月8日辦理藥品管理人員教育訓練，以防止藥材滯存及逾期失效，另要求確實依醫師看診紀錄及處方調劑藥品予民眾，復於104年9月23日修正「臺南市政府衛生局所屬各衛生所藥品使用及管理作業規定」，就藥品調撥、盤點及銷毀等訂定規範，並將藥品管理列入衛生所施政績效考核項目，督促加強藥品管理，維護民眾用藥安全。