審計部桃園市審計處(下稱桃園市審計處)查核發現，桃園市政府地政局核發公司行號地上改良物補償費，未依規定列單申報主管稽徵機關，及填發免扣繳憑單予納稅義務人，經促請該局研謀改善，已建立控管機制並補申報。
依財政部民國(下同)86年5月5日函釋，公司因政府區段徵收領取地上改良物補償費無免納所得稅規定之適用，應列為其他收入；所得稅法第89條第3項規定，機關每年所給付不屬本法規定之扣繳範圍，而未經扣繳稅款者，應列單申報主管稽徵機關，並將免扣繳憑單填發納稅義務人。桃園市審計處查核發現，桃園市政府地政局98至102年度辦理機場捷運A7站地區、中路地區等區段徵收開發案2件，其中核發公司行號地上改良物補償案件計457筆、金額8億3,357萬餘元，未依規定列單申報主管稽徵機關，並將免扣繳憑單填發納稅義務人，經函請該局檢討改進，並清查其他案件妥處。
嗣經桃園市審計處追蹤改善結果，桃園市政府地政局業全面清查上開2案及前揭5年度未逾稅捐核課期間之徵收及重劃補償案件計51件，填發免扣繳憑單予納稅義務人合計1,298筆、金額20億3,683萬餘元，並於104年1月30日前列單申報主管稽徵機關，且自104年起於核發公司行號地上改良物徵收補償費流程，增列申報主管稽徵機關及填發免扣繳憑單等作業，並設置內部檢核之控管機制，確保無漏列申報案件。上開案件業經財政部北區國稅局等稽徵機關於104年1至11月間查處完竣，並補徵所得稅額及罰鍰2,498萬餘元，增益公庫收入，並維護租稅公平。