審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府稅務局(下稱稅務局)辦理印花稅稽徵作業，未運用臺南市政府工務局(下稱工務局)通報之建築工程開工申報書及稅務平台「派案管制系統」，建立通報案件派查選案控管機制，經函請研謀改善，該局已運用系統控管通報案件加強選案稽查，民國(下同)104年度截至11月底止已稽查核課稅款1,481萬餘元，有效提升印花稅稽徵效能。
印花稅法第7條規定，承攬契據每件按金額千分之一，由立約或立據人貼印花稅票。臺南市審計處查核發現，稅務局未運用工務局通報之建築工程開工申報書，且未擬訂相關查核計畫及運用財政部財政資訊中心建置之稅務平台「派案管制系統」建立工務局通報案件，就起造人或承造人申報開工之工程造價金額較鉅者列入選案稽查，致有工程造價500萬元以上之建築工程有未依法繳納印花稅情事，印花稅稽徵作業欠缺控管機制，經函請稅務局檢討改善。
經臺南市審計處追蹤查核結果，稅務局已就該處103年度查得未依法繳納印花稅案件18件補徵稅款46萬餘元，並於103年12月26日擬訂104年度建築工程開工申報書印花稅課稅資料查核運用計畫，除運用「派案管制系統」進行工程開工案件電子檔案彙整建檔、派案及管制外，另設置專人於每年2月及8月篩選工程造價500萬元以上案件列入年度稽查。104年度截至11月底止，已依上開查核運用計畫以派案管制系統選案稽查305件，核定課徵258件，徵起印花稅額1,481萬餘元，有效提升印花稅稽徵效能。