審計部調查發現，財政部關務署高雄關(下稱高雄關)辦理金門小三通通關及查緝業務，核有金門料羅港埠設施不良，管制鬆散，致走私案件頻仍，經函請關務署督促檢討改進。高雄關雖研提改善措施，惟執行成效欠佳，經陳報監察院供行使監察職權之參考，業由該院糾正金門縣政府、關務署及高雄關。
政府為促進離島經濟發展，並使兩岸小額貿易除罪化，於民國(下同)89年12月15日公告實施「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」，開放金門、馬祖及澎湖等離島地區與大陸地區試辦通航、通郵及通商等作業。金門地區實施小三通後，係以料羅港為兩岸往來之貨物碼頭。審計部查核發現，金門料羅港埠設施不良，管制鬆散，惟未積極協調解決，形成海關監管缺口，致走私案件頻仍，經於102年1月24日函請關務署督促研謀改善，據復：高雄關已研提建請金門縣港務處籌設貨櫃集散站、劃設D5(保稅倉貨物)、F5(自由港區貨物)保稅貨物存放專區及建置通關自動化設備等改善措施。
經審計部追蹤後續辦理情形，截至103年底止，金門料羅港仍未建置通關自動化設備、貨櫃集散站等硬體設施，及保稅貨物存放專區缺乏實質管制效果，且高雄關就關稅查緝作業研採相關因應措施，尚無法取代上開硬體設施所能發揮之功能，仍易滋生走私、逃漏稅等情事，經陳報監察院供行使監察職權之參考。嗣經監察院調查結果，於104年10月13日糾正金門縣政府、關務署及高雄關。(詳監察院公報第2974期)