前臺南縣政府(縣市合併後業務由臺南市政府農業局辦理)為解決農產外銷之檢疫需求及確保農產品品質，民國94年3月於該縣芒果主要集散地玉井鄉興建臺南縣農產物流中心蒸熱處理廠，興建成本及設備共計1億9,065萬餘元。惟查前縣府94至99年度共經收該處理廠委託經營權利金僅51萬餘元，又99年度蒸熱設施使用日數僅50天，蒸熱量共計350.994公噸，平均每日處理量7.02公噸，占蒸熱設備處理最高量20公噸之35.10％，使用效能偏低。審計機關職司財務效能之考核，審計部臺南市審計處為瞭解臺南市農產物流中心蒸熱處理廠規劃、興建及經營管理情形辦理專案調查，另由審計部教育農林審計處調查本案補助機關行政院農業委員會之計畫審查與督導情形，案經查證結果，核有未盡職責及效能過低情事，促請臺南市政府及行政院農業委員會檢討改進，嗣經該府積極辦理年度臺南國際芒果節行銷活動，強化國際能見度增加芒果外銷量，蒸熱處理設施及水果糖度色澤重量分級選別設備利用率已獲提升，為農民帶來穩定之收益，另該府已將土地租金轉由經營廠商支付，並修改委託契約規定，每年增加固定權利金，大幅提升政府委託經營財務效益。