審計部臺中市審計處(下稱臺中市審計處)查核發現，臺中市政府實施高美野生動物保護區分區管制，惟未確實禁止遊客進入核心區及緩衝區，致人為踩踏破壞濕地自然生態，經促請檢討改善，已加強巡邏勸導並建置高美濕地木棧道，確實管理遊客遊憩範圍，以維護濕地自然生態環境。
臺中市政府為保護高美野生動物保護區濕地生態環境及資源，維護生物多樣性，自民國(下同)101年7月開始，將該保護區劃分為「核心區」、「緩衝區」、「永續利用區」等三區，並公告核心區（堤岸往外延伸400公尺）及緩衝區（核心區往外延伸100公尺）全面禁止遊客進入。臺中市審計處102年1月查核發現，該府自101年7月23日實施分區管制措施後，迄101年底止，遊客誤闖管制區遭裁罰案件者6件，且屢遭民眾投訴有遊客跨越高美濕地管制區竹圍通道至雲林莞草區嬉戲，卻未見巡守員巡邏勸導，未確實禁止遊客進入核心區及緩衝區，致人為踩踏破壞濕地自然生態，經函請檢討改善。
嗣經臺中市審計處追蹤臺中市政府改善情形，為避免遊客破壞濕地生態，已興建完成619公尺長之高美濕地木棧道，於103年3月完工啟用，確實管理遊客遊憩範圍，發揮保育及遊憩功能；並加強巡邏勸導及取締管理，以避免人為踩踏造成濕地陸化現象，截至104年10月底止，經取締違規裁罰79件，裁罰金額計365萬元。