審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市政府交通局辦理大高雄30分鐘轉運生活圈—旗山、岡山、鳳山、小港次要轉運中心建置案，其中旗山轉運中心整建完成後部分空間閒置，經函請該局研謀改善，該轉運中心已作為自行車商業租借使用，並引進原住民工藝坊及交通諮詢服務，發揮場站使用效益。
高雄市政府交通局為達30分鐘生活圈目標，於民國(下同)100年11月24日提出「大高雄30分鐘轉運生活圈—旗山、岡山、鳳山、小港次要轉運中心建置案」整體計畫書，以串聯公共運輸，提高運輸效率，縮短區域間之距離，其中旗山轉運中心設置於高雄汽車客運股份有限公司(下稱高雄客運公司)旗山南站，由該局依據發展大眾運輸條例及大眾運輸事業補貼辦法補助建設經費2,922萬餘元，高雄客運公司自籌3,041萬餘元，總經費合計5,963萬餘元，於102年1月12日正式啟用。高雄市審計處查核發現，交通局與高雄客運公司簽訂「高雄市旗山轉運站建設補貼計畫契約書」，依契約書有關1樓平面配置之規定略以：建置開放式月臺，整合商業空間，提供旅客悠閒候車環境，惟旗山轉運中心1樓商業及公共服務空間339.72平方公尺，除原已出租作為便利商店168.63平方公尺外，餘171.09平方公尺閒置逾1年未使用，效能未如預期，經函請該局研謀改善。
嗣經高雄市審計處追蹤高雄市政府交通局改善結果，該局已督促高雄客運公司將旗山轉運中心1樓閒置商業空間107.4平方公尺作為自行車商業租借使用，另為推展該轉運中心位處山城九區之地理區位特色，該局與高雄市政府原住民事務委員會共同合作，於公共服務空間63.69平方公尺引進原住民工藝坊，提供原住民族產業推展、農特產品展售以及交通諮詢服務，發揮便利旅客使用功能及場站使用效益。