審計部查核發現，各國稅稽徵機關欠稅件數及金額龐鉅，迭經促請研謀改善，財政部及各國稅局業研訂相關作業規定，並加強各項欠稅清理措施，以有效徵起稅捐，近5年來欠稅金額由2,647億餘元，逐年遞減至1,464億餘元。
審計部歷年均辦理「國稅欠稅防止及清理情形」專案調查，針對各國稅稽徵機關稅款(含罰鍰)未徵數清理情形及其成效，暨執行憑證徵繳情形，研提有關欠稅金額仍屬龐鉅，允宜研謀善策，加強清理等整體性建議意見。並就各年度發現公司組織欠繳稅捐金額龐鉅，允宜研謀解決；繳款書未送達案件之處理，有待檢討改善；課稅資料之蒐集、整理、通報、管制及案件之核定等作業，未掌握時效性及即時性；欠稅案件待移送強制執行作業欠積極；欠稅案件辦理禁止財產處分、限制出境、停業處分、假扣押及欠稅擔保品等之處理未盡妥適等個別性查核缺失，一併函請財政部研謀改善。
嗣經審計部追蹤結果，財政部及各國稅局業研訂「逾核課及逾徵收期間註銷稅款處理要點(或懲處標準)」、「稅捐稽徵機關辦理禁止財產處分作業處理原則」、「強化稅捐稽徵機關與行政執行機關執行案件追查具體措施」等相關規定，督促各國稅稽徵機關確實依規定儘速清理欠稅。並研採一定金額以上欠稅案件於移送執行前，確認是否合法送達；運用所得、財產及稅籍檔案資料，積極掌握欠稅人銀行存款及投資股票資訊，加強欠稅清理等措施，以有效徵起稅捐。近5年欠稅件數及金額由民國99年度之97萬餘件、2,647億餘元，減少至民國103年度之46萬餘件、1,464億餘元，減幅達52.57％及44.69％。