審計部查核發現，行政院環境保護署（以下簡稱環保署）「水體環境水質改善及經營管理計畫」執行多年，仍側重後端污染整治，未適時評估水體涵容能力，並針對密集度較高之污水下水道系統，進行河川廢（污）水總量管制，致全國11條重點河川歷經多年整治，仍無法有效達成水質改善目標等缺失情事，經函請行政院督促檢討改善後，環保署已會同內政部營建署等機關，研提具體改善措施。
環保署為期所有河川達水體分類水質標準，持續打造宜人樂活之水環境，報經行政院於民國(下同)100年5月18日核定「水體環境水質改善及經營管理計畫」，計畫期間自101至106年度，總經費56億9,392萬元，截至103年度止，環保署累計編列預算16億5,427萬餘元。
本案經審計部派員調查計畫執行情形發現：（一）污染整治計畫側重後端整治，未就氣候變遷降雨不均影響河川基流量等情，適時評估水體涵容能力，並進行河川廢（污）水總量管制；（二）部分地方政府公共污水下水道接管普及率偏低，影響河川整治作業，環保署迄未能積極協調權責機關突破困境；（三）環保署未積極洽商農業委員會(以下簡稱農委會)研議畜牧廢水污染源頭減量機制；（四）現行水質監測機制不具及時性，無法及時追查污染來源等，均肇致未能有效提升河川水體水質效能情事，經依審計法第69條規定，於104年3月20日函請行政院查明妥處。
案經審計部追蹤改善情形，行政院已督促環保署訂定「推動水污染總量管制作業規定」；與內政部營建署定期會商污水下水道系統興建、接管進度與河川污染整治等配合事宜；持續洽商農委會，將畜牧糞尿作為農地肥分使用管理方式；已訂定「環境水質監測異常通報及處理作業程序」，推動事業廢水水質水量自動監測設施設置與連線，並逐步擴大應裝設自動監測設施與連線之對象等機制。