審計部教育農林審計處(以下簡稱教農處)查核發現，教育部國民及學前教育署(以下簡稱國教署)執行101學年度高中職免學費方案，與其他政府機關間有重複核發學生助學補助款或未依規定收回休、退學學生請領之補助款等情事。經函請國教署研謀改善，該署業已增設核發補助款之勾稽功能，健全補助款之管控機制，並收回溢發款項1,052萬餘元。
國教署為促進國民教育機會均等，保障弱勢家庭子女就學，實施高中職減免學費政策。全國各高級中等學校101學年度第1、2學期(民國101年8月至102年7月底止)分別辦理教育部各類助學補助計568,194筆及556,668筆，該期間辦理休、退學之學生計有12,949人次及12,271人次。惟查國教署建置之全國高中職助學補助系統尚乏與其他政府機關核發助學補助款之勾核機制，且未與學生學籍系統連結，學生休、退學是否依規定繳回所請領學費補助款之控管機制闕如，致間有溢發政府助學補助款或未收回休、退學學生請領之助學補助款計1,715筆，金額1,114萬餘元情事，經函請國教署查明妥處並研謀改善。
嗣經教農處追蹤國教署後續改善情形，全國高中職助學補助系統業已連結學籍系統，並增設與其他政府機關間重複發放補助款之勾稽功能，健全管控機制；另協調相關政府機關收回溢發101學年度助學補助款及休、退學學生未繳回之補助款項。截至104年7月底止，業已收回溢發助學補助款計1,590筆，金額1,052萬餘元，餘125筆仍持續收繳作業。