審計部高雄市審計處(以下簡稱高雄市審計處)查核發現，高雄市輪船股份有限公司(以下簡稱輪船公司)營運票價與成本差距過大，且遲未調整免費乘船優惠措施，加劇該公司財務虧損，經函請研謀改善，業進行財務分析，並於確保服務品質下，合理調整渡輪票價，另訂定優惠乘船實施辦法，改善乘船優惠對輪船公司造成之財務影響，減少營運虧損。
高雄市政府為提供市民低廉、便捷、舒適而安全之河港交通及觀光運輸服務，於民國(下同)94年1月1日成立輪船公司，該公司至103年底止，每年營運結果均虧損，累計虧損達7億1,009萬餘元，已超過其資本額4億6,336萬元。高雄市審計處查核發現，營運票價與成本差距過大，按該公司分析102年交通渡輪(鼓山-旗津及前鎮-中洲渡輪等2航線)每人次營運成本約21元，高於票價(如全票15元及優待票8元等)，其票價顯不符成本，且自97年7月起均未調整票價，又依高雄市偏遠地區居民優惠乘船實施辦法第9條規定：「輪船公司因偏遠地區居民依本辦法免費乘船所減收之票價，由主管機關按年視財政狀況編列預算補貼之。」惟高雄市政府長年未督促相關局處編列預算補貼該公司因旗津居民免費乘船造成之票價減收，或調整免費乘船優惠措施，加劇該公司財務虧損，經函請高雄市政府研謀改善。
嗣經高雄市審計處追蹤高雄市政府改善結果，該府業於103年3月進行財務分析，且於104年4月30日公告交通渡輪票價調整，每人依不同票種與優惠情況需多付3至10元(如全票由15元調整為25元，持一卡通為20元等)，並自同年6月1日實施，提供乘客更優質安全之渡輪運輸服務，據統計104年6及7月該航線營運收入2,180萬餘元，較去年同期增加677萬餘元。另為避免乘船優惠遭不當濫用，已於101年10月18日訂定「高雄市旗津區居民優惠乘船實施辦法」，明確規範防止冒用機制、免費乘船證使用範圍與防止幽靈人口措施，且每月更新旗津居民戶籍資料，加強查察失效卡，並落實驗票人員稽核制度，以減少營運虧損，改善財務狀況。