審計部臺北市審計處（以下簡稱臺北市審計處）查核發現，臺北市政府交通局（以下簡稱交通局）及臺北市稅捐稽徵處（以下簡稱稅捐處）辦理「市政府轉運站獎勵民間投資興建營運案」（以下簡稱市政府轉運站BOT案）開發基地地價稅減免核課作業均有疏誤，以致民間機構未繳納土地租金，經促請檢討妥處，交通局已提付仲裁並依判斷結果促請民間機構補繳租金，維護政府權益；稅捐處則訂頒查簽表供查核運用，以落實類案稅捐核課之正確性。
交通局為帶動臺北市各區域均衡發展，辦理市政府轉運站BOT案，規劃由民間投資興建城際客運轉運站並為營運，招商結果於民國（下同）93年8月11日與民間機構簽約，民間投資金額82億餘元。經臺北市審計處查核發現，民間機構於興建期應繳之土地租金，係以開發基地依法應繳納之地價稅為計算基礎，惟交通局申請減免地價稅時，未向稅捐處查告不應減免其中商場、旅館等商業設施之使用面積；稅捐處亦未詳加查察，即核予全部基地94至98年免徵地價稅，以致民間機構於該5年期間免繳土地租金。嗣稅捐處99年8月發現有誤並補徵地價稅後，民間機構未繳交租金，交通局亦未向民間機構收取租金。經函請交通局積極妥處，並請稅捐處就本案商業設施部分漏課地價稅1節檢討改善。
嗣經臺北市審計處追蹤後續改善情形，交通局已將全案提付仲裁，並依仲裁判斷結果促請民間機構補繳1億2,340萬餘元土地租金，於103年度納庫；另稅捐處於102年5月訂頒「適用臺北市促進民間機構參與重大公共建設減免地價稅房屋稅及契稅自治條例免徵地價稅案件查簽表」，規範審核是類地價稅減免案件時，應查對建造及使用執照等資料，並現勘各樓層實際使用情形等，截至104年7月底止，未再發生誤核情事，落實稅捐核課正確性。