審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，臺南市政府環境保護局(下稱環保局)對於列管之廢棄物非法棄置場址清理作業進度遲緩，且部分機關徵收土地興建公共設施，事前查勘作業未臻周全，動工開挖後始發現有廢棄物，需花費公帑清除，經函請該局研謀改善。該局已積極清理，並完成多處場址解除列管，另經內政部新增土地參考資訊檔有關土地遭棄置廢棄物資訊代碼，發揮警示功能。
依環境基本法第4條規定，環境污染者、破壞者不存在或無法確知時，應由政府負責。臺南市審計處調查發現環保局對於列管之廢棄物非法棄置場址，未擬訂處理期程，半數以上案件已列管逾5年仍未清理，進度遲緩。民國(下同)103年底行政院環境保護署廢棄物非法棄置案件管理系統登錄臺南市廢棄物非法棄置場址計47處，占全國場址204處之23.04％，並有土壤及地下水污染之控制及整治場址65處；另部分市屬機關近年徵收土地興建公共設施，屢因事前查勘作業未臻周全，對於土地有無被列管不甚瞭解，動工開挖後始發現有非法棄置廢棄物，除影響工程進度，且需額外花費公帑清除，經函請該局檢討改善。
案經臺南市審計處追蹤環保局改善結果，104年度截至7月底止，經該局積極清理結果，計已解除列管12處廢棄物非法棄置場址、1處整治場址及6處控制場址；另為避免需地機關徵收、價購或收受遭棄置廢棄物之土地，經臺南市政府函請內政部於地政土地參考資訊檔新增相關代碼，經該部參採，於104年7月15日修正新增「土地遭棄置廢棄物資訊」代碼為「A2」，供環保局於發現是類場址時向地政事務所申請登錄註記，該局已完成登錄註記，俾利相關機關及一般民眾查詢確認土地管制狀況，發揮警示功能。