審計部於民國(下同)103年查核行政院所屬機關推動跨域加值公共建設財務規劃方案成果，發現自償性公共建設計畫尚缺乏主管機關主動監督管理及考核獎懲機制，經向行政院提出建議意見，該院已修正「自償性公共建設預算制度實施方案」部分規定，強化督導考核作業。
行政院為加速推動公共建設，透過整合規劃，將計畫之外部效益內部化，以提高計畫自償能力，挹注公共建設經費，並於102年7月8日修訂「自償性公共建設預算制度實施方案」，由主辦公共建設計畫之興建、管理營運機關，依權責負責資金籌措，納入非營業特種基金附屬單位預算辦理，以落實執行機關之財務責任。審計部查核發現政府辦理之重大公共建設計畫，大多不具備完全自償性，仍須仰賴政府編列預算投資建設，或逐年補貼償還基金融資之貸款與利息，且計畫自償能力可能受到往後年度經濟景氣或社會環境變動影響，具有高度不確定性，前開實施方案尚缺乏主管機關相對應之監督管理機制，主動針對基金績效予以考核，對於計畫自償率之達成情形，亦未建置相關獎懲制度，若自償性財源喪失，將造成政府日後財政負擔，不利確保國家財政政策之長期永續性，經函請行政院督促相關權責機關檢討改善。
經審計部持續追蹤改善結果，行政院已於104年7月15日修正「自償性公共建設預算制度實施方案」，新增第15點，明訂各主管機關應依「行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點」相關規定，辦理所屬機關自償性公共建設計畫之管制與獎懲；及計畫完工營運後，各主管機關應督促所屬基金確實定期檢討營運成效，審慎核辦所屬基金所提之檢討結果、改進措施或解決辦法，並應追蹤辦理情形，落實主辦機關財務責任，以確保計畫自償率之達成，俾利公共建設推動順遂，減輕國庫負擔。