審計部查核發現，衛生福利部近年來雖已陸續推動多項中藥材源頭管理作為，以管制藥用中藥材品質，惟進口藥用中藥材實際抽驗比率低微，難將劣質中藥材阻絕於境外，復未能審酌業者風險程度機動調整邊境抽驗比率，致業者易於掌握管控規則，進而產生規避行為，降低後續查驗機制之有效性，經函請衛生福利部檢討健全管理制度，該部已修正「應施輸入查驗中藥材之相關查驗規定」，增加輸入查驗中藥材品項及調整抽查率，以維護民眾用藥安全。
衛生福利部為維護民眾中藥用藥安全，自民國（下同）101年8月起擇定國人使用及進口量前10大藥用中藥材，優先實施邊境管理制度（紅棗、黃耆、當歸及甘草等4項採抽批查驗，地黃、川芎、茯苓、白芍、白朮及杜仲等6項採書面審核），期強化中藥材源頭管理作為。經審計部查核發現， 103年進口藥用中藥材實際抽驗比率僅占當年度進口總量之0.90％，比率低微，難將劣質中藥材阻絕於境外；又藥用中藥材邊境抽驗，依規定於抽驗不合格後，連續5批檢驗合格，且累計進口量達該不合格產品批之3倍量後，即恢復以每批5％之隨機抽批方式查驗，未能審酌業者風險程度機動調整抽驗比率，致業者易於掌握管控規則，進而產生規避行為，降低後續查驗機制之有效性，經函請衛生福利部檢討健全管理制度，確保國人飲食常用中藥材安全品質，以維國人飲食安全。
嗣經審計部追蹤改善情形，該部已於104年4月20日公告修正「應施輸入查驗中藥材之相關查驗規定」，增加輸入查驗中藥材品項至16項，其中實施抽批查驗品項增加至10項，另將中藥材抽批檢驗，修正為依「輸入藥物邊境抽查檢驗辦法」規定，得按2％至50％之抽查率為之，均自104年5月5日起實施。