臺南市安平漁港管理中心由行政院農業委員會漁業署(下稱漁業署)補助原臺南市政府2,946萬餘元於民國(下同)86年12月興建完成，經前審計部臺灣省臺南市審計室(下稱前臺南市審計室)查核發現，該管理中心完工後多數空間閒置，使用效能過低，經通知檢討改善，現已由台江國家公園管理處進駐使用，提升公產使用效能。
原臺南市政府為解決遠洋漁港泊地不足問題，依據「增闢遠洋漁港規劃計畫」，經漁業署補助(自79年至86年分6期)興建安平遠洋漁港及相關設施，其中安平漁港管理中心為2層樓建築物，總樓地板面積1,664.15平方公尺，86年12月完工，工程結算金額2,946萬餘元，1樓規劃作為管理遠洋漁船之集中辦公處所，2樓則為宿舍及會議室。前臺南市審計室查核發現，因無遠洋漁船靠泊，致漁港業務不如預期，該管理中心1樓僅部分辦公空間暫借臺南市區漁會使用，2樓自完工即閒置未用，核有效能過低情事，經依審計法第69條規定於96年5月9日將全案通知原臺南市政府研謀改善並報告監察院，經該院立案調查完竣，於98年7月9日提案糾正(詳監察院公報第2663期)。
嗣經臺南市審計處持續列管追蹤結果，臺南市政府已於100年元月成立漁港及近海管理所，並會商漁業署協助與內政部設立之台江國家公園管理處簽訂無償提供使用契約，自102年元月起將該管理中心閒置空間提供該處辦公使用，已達成公產活化目標及提升使用效能。