審計部查核發現，行政院環境保護署（下稱環保署)於民國(下同)99年5月起辦理高屏地區空氣污染物總量管制計畫，迄101年仍因經濟部及產業界對於總量管制是否影響經濟成長及產業長遠發展等，存有疑慮，致未能順利推動，影響高屏地區空氣品質，經函請環保署檢討改善，業獲具體回應。
環保署鑑於高屏地區因屬重工業密集區域，及受地形氣候條件交互影響，懸浮微粒及臭氧平均濃度長期居全國之冠，依空氣污染防制法第8條第1項規定：「中央主管機關得依地形、氣象條件，將空氣污染物可能互相流通之一個或多個直轄市、縣（巿）指定為總量管制區，訂定總量管制計畫，公告實施總量管制。」自99年5月啟動高屏地區總量管制推動作業，並於100年6至7月發布既存固定污染源污染物排放量認可準則、固定污染源空氣污染物削減量差額認可保留抵換及交易辦法等相關規定。該署雖於101年間與相關單位集會研商，惟因經濟部及產業界對於總量管制是否影響經濟成長及產業長遠發展等，仍有疑慮，致未能順利推動。審計部經函請該署加速協調經濟部、地方政府，以獲取共識促成高屏地區總量管制順利運作。
案經審計部追蹤改善情形，行政院已協調環保署與經濟部，由環保署成立跨部會「空氣污染減量行動督導聯繫會報」，並於聯繫會報下組成「空氣污染減量行動小組」，以整合地方轄內行政資源推動減量管理，另該署已規劃建置「空氣污染物削減量差額管理平臺」，包含「既存固定污染源排放量認可申請作業系統」、「削減量差額認可審查作業系統」及「排放量查核系統」，並有155家工廠至空氣污染物削減量差額管理平臺登錄試行操作，期正式實施後達成3年內空氣污染物排放總量至少減量5％之目標。