審計部高雄市審計處(以下簡稱高雄市審計處)查核發現，高雄市政府海洋局經管之漁民服務中心辦公空間長期提供漁業團體承租使用，惟收取之公共管理費偏低，致收入不敷支應各項公共事務支出，經函請研謀改善，業與進駐團體協議調整公共管理費收費標準及分攤方式，以確保公共管理費收支平衡，並維持中心正常運作。
高雄市政府海洋局前為因應80年代遠洋漁業興盛，為安置靠港漁工，並提供其休閒娛樂場所，於民國(下同)86年興建高雄市漁民服務中心，總建造成本1億2,178萬餘元，該局並將辦公地點設置於該中心，公共管理事務支出由該局統一編列預算支應。因遠洋漁業環境變遷轉型，為充分發揮該中心使用效益，該局爰將部分辦公空間租借予漁業發展協會及漁業公司等單位，出租初期僅向漁業公司等營利團體收取每年4,000元/坪之公共管理費，對漁業團體(非營利組織)則准予免費使用，迄101年1月起始按每年300元/坪酌收。高雄市審計處調查發現，該局於102年遷駐新辦公大樓後，該中心收取之公共管理費不足以支應電梯、消防、空調及大樓清潔費等各項公共事務支出，致該中心收支失衡，經通知高雄市政府海洋局研謀改善。
嗣經高雄市審計處追蹤高雄市政府海洋局改善結果，該局已於「高雄市漁民服務中心辦公室租賃契約書」增訂漁業團體(非營利組織)之公共管理費計收標準，並於103年9月26日召開研商高雄市漁民服務中心公共管理費事宜會議決議，103年度不足之公共管理費59萬餘元，由各承租戶同意依現行承租坪數比率分攤與繳納，及自104年起參考103年度漁民服務中心公共管理費實際支出金額先行收繳，俟年度結束再進行結算，以確保中心公共設施正常運作。