審計部查核發現，台灣電力公司（下稱台電公司）配合政策經營離島供電間有虧損加劇等情，依離島建設條例規定雖可由主管機關編列預算撥補合理虧損，惟因經濟部未落實條例規定，復未積極促其改善經營狀況，經審計部建請行政院檢討妥處，已獲採逐年漸進方式編列預算撥補，並由經濟部促請改善中。
台電公司職司全國電力供應，配合政策從事離島供電，依離島建設條例規定，離島用電，比照臺灣本島平均費率收取，其營運單位因依該項費率收費致產生之合理虧損，由中央目的事業主管機關審核後，編列預算撥補之。經審計部查核發現，台電公司民國（下同）89至94年間之經營離島虧損，行政院及經濟部以該公司整體營運結果尚有盈餘，責請其自行吸收，除未符前揭條例規定外，亦損及股東權益，其後該公司雖自95年起連年虧損，然行政院及經濟部仍責請該公司在不影響民股股東權益下自行吸收，另針對離島供電經營不善或虧損加劇等情，經濟部復未積極督促其改善，經審計部建請行政院查明並督促檢討妥處。
嗣經審計部追蹤改善結果，台電公司經營離島供電虧損情形，刻由經濟部督促其改善中，據該公司統計資料顯示，103年度離島供電虧損計58.46億元，已較102年度之58.89億元及101年度之61.48億元降低；又相關經營離島供電之合理虧損，行政院業同意由經濟部自103年度起以逐年漸進編列預算方式撥補（103及104年度分別編列5.36億元、10.73億元），該公司業於103年11月收到補助款5.36億元，有效健全體制與維護事業權益。