審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現臺南市政府委託廠商經營農產品物流中心蒸熱處理廠(下稱蒸熱處理廠)，其權利金計算僅依廠商蒸熱處理代工量計收變動權利金，未將政府投資設施之固定成本納列考量，經函請研謀改善，該府業已修改權利金計算增收固定權利金，增加政府權利金收益。
前臺南縣政府為因應臺灣加入WTO後，對我國農業產銷產生衝擊，民國(下同)94年3月耗資1億9,065萬餘元興建蒸熱處理廠，期提升鮮果檢疫技術，協助農民拓展農產品外銷市場。經臺南市審計處查核發現，蒸熱處理廠於94年3月委託廠商經營管理，其權利金計算僅依廠商蒸熱處理代工量計收變動權利金，未將政府投資設施之固定成本納入考量，致94至99年度6年僅收權利金51萬餘元，經通知臺南市政府研謀改善。
嗣經臺南市審計處追蹤後續改善情形，該府業於104年3月4日蒸熱處理廠重新委託經營管理時，修改委託契約，除按年度蒸熱處理代工量級距計算變動權利金外，每年增收固定權利金55萬元，履約期間(104年3月至109年3月)計可增收275萬元權利金收益。