審計部查核發現，內政部所屬中部辦公室及土地重劃工程處辦理高鐵嘉義車站特定區區段徵收公共工程，前於民國(下同)93年完工後，該區抵價地仍未完全點交予主要地主台灣糖業股份有限公司(下稱台糖公司)，經促請經濟部及內政部檢討改善，已研謀多項改善措施，該特定區抵價地已陸續辦理點交中。
內政部所屬中部辦公室及土地重劃工程處辦理高鐵嘉義車站特定區區段徵收公共工程，前於93年間完工後，嘉義縣政府於94年3月辦理抵價地點交予主要地主台糖公司時，該公司發現抵價地街廓地面與公共設施道路高低落差約2公尺，認為整地尚未完竣，拒絕點交。審計部查核發現，台糖公司前於主辦機關舉辦之填土整地規劃設計方案歷次相關會議，均未依據其需求及時提出高程意見；內政部所屬未能及時澈底解決抵價地高程問題，且未縝密規劃土石方料源之取得途徑及充分利用水庫清淤土方資源等情事，致衍生上開填土高程及點交爭議，影響該特定區抵價地之開發利用，經分別通知經濟部及內政部妥為處理。
經審計部追蹤改善結果，經濟部已促請台糖公司檢討改善，並於104年3月27日修訂該公司「區段徵收作業要點」，納入抵價地填土高程之考量；內政部提出「區段徵收作業手冊」及土地重劃工程處「規劃設計作業程序ISO程序書」修正案，增列規劃設計階段，應先向土地所有權人說明抵價地高程及納入土方交換利用措施，另函請水庫主管機關，就水庫清淤土石方資訊，應於「營建剩餘土石方資訊服務中心」申報交換等具體改善措施。至有關該特定區抵價地點交事宜，嘉義縣政府已於103年4月14日及9月16日分別點交2個及8個街廓土地予台糖公司接管，目前尚有5個街廓未完成填土，後續未完成填土街廓，已協商土方交換撮合成功，由嘉義縣政府辦理之新埤大排工程提供剩餘土方供應，除大幅縮短運距，並可節省公帑，使土方達到最經濟利用。