臺南市政府為加強環境綠美化及造林，設置小新營等5處苗圃。審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，各苗圃業務及功能相同卻分屬臺南市政府農業局(下稱農業局)及臺南市政府工務局(下稱工務局)經管，未予檢討整合轄屬，且部分苗木存量過多或供不應求，經函請檢討改善。山上苗圃已移由農業局接管，並研訂苗木培育計畫加強辦理培育及配撥作業，各類苗木之配撥率已有提升。
前臺南縣及臺南市政府為提供公私有林造林所需植栽，設置有小新營、新化、七股及山上、五期等5處苗圃，共栽植64種苗木，民國(下同)100至103年度各編列相關預算1千餘萬元。經臺南市審計處調查發現，上開5處苗圃業務及功能均相同，99年12月25日縣市合併後，仍分由農業局(前3處)及工務局(後2處)經管，未予檢討整合轄屬；復未妥適擬訂定苗木培育計畫，致欒樹等16類樹種結存量過多，雪茄花等10種苗木卻長期供不應求，各機關尚需自行外購或改申領其他樹種，苗圃102年度配撥率(實際配撥數占各苗圃已培育完成可供配撥數之比率)未及四成，經函請臺南市政府檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤後續改善情形，原工務局經管苗圃，除五期苗圃配合工務局每年辦理臺南百花祭，仍由該局經管外，山上苗圃已劃歸農業局一併管理，預估104年度約可減省相關經管開支計90萬餘元，並將該苗圃改建為四季水公園，與鄰近之蘭科植物園及國定古蹟臺南水道等，相互串連為新興旅遊景點；復於年度前先調查申領需求，研訂苗木培育計畫，妥擬安全存量，避免發生苗木供需失衡之情事；且針對欒樹等16類存量偏高樹種，研商去化機制，配合植樹節等活動發放，以推廣造林及綠美化工作。經統計上開苗圃配撥數量已由102年度之13萬餘株，增至103年度18萬餘株，各類苗木平均配撥率已由102年度之38.57％，增至103年度之61.42％。