經審計部查核發現，我國現行就國際上「生物多樣性」相關公約之立法推展，有關海洋污染防治法(主管機關環保署)及商港法(主管機關交通部)均尚未就船舶壓艙水之排放情形訂定相關規範，未符國際間船舶壓艙水排洩情形之管控趨勢，恐衍生有害水生生物及病原體引入，對國內原生物種造成危害，經函請行政院督促檢討改善，行政院業於民國(以下同)104年2月11日召開「船舶壓艙水及沉積物國際公約問題與處理作法」協商會議，由交通部、行政院環境保護署、行政院海岸巡防署等相關機關，積極推動壓艙水及沉積物排放之管理規範。
各國船舶因全球貿易頻繁往來，外來物種經由船舶壓艙水及其沉積物突破地理之屏障，可能輸往全球各地，進而影響當地生態環境及居民健康。為有效防制外來物種透過船舶壓艙水及其沉積物意外引入，國際海事組織於西元(以下同)2004年2月16日通過「國際船舶壓艙水及其沉積物控制管理公約」(International Convention for the Control and Management of Ships Ballast Water and Sediments)，以期防止、減少並最終消除有害水生物及病原體對於生態環境、人類健康所造成之損害。經審計部查核發現：政府雖已制訂野生動物保育法等法規，規範外來物種相關檢疫作業及管制情形，惟我國外來物種及外來入侵種仍分別自93年度之357種、10種，增加至102年度之1,413種、224種。船舶壓艙水所引入之外來物種已被視為各地海域主要污染源之一，「國際船舶壓艙水及其沉積物控制管理公約」雖尚未正式生效(未達該公約規定生效條件為商船總噸數達全球商船噸數不少於35％)，惟部分國家已就船舶壓艙水之排洩情形加以規範，如美國於1990年、1996年分別頒布「外來有害水生物防止及控制法」、「國家入侵種法」；澳洲於2001年實施「澳洲壓艙水管理規定」等。我國海洋污染防治法及商港法雖已就船舶污染海洋情形訂有相關規範，惟有關船舶壓艙水排洩情形之管控闕如，未符國際趨勢，亦有衍生外來物種入侵，對我國原生物種造成危害之虞等，經函請行政院督促研謀改善。
案經審計部追蹤改善情形，行政院業於104年2月11日召開「船舶壓艙水及沉積物國際公約問題與處理作法」協商會議，決議由交通部依「國際船舶壓艙水及其沉積物控制管理公約」訂定污染物質與水質標準，採分級(三加一級)管理方式推動壓艙水及沉積物之管理規範，並請行政院環境保護署配合修正公告「海洋污染防治法」之排泄物質與禁止交換之水域範圍，由行政院海岸巡防署協助例行性之巡檢工作；至有必要執行第三級管理時，則由行政院農業委員會及行政院環境保護署參與檢驗工作，若發現不符水質標準(具傳染病源)之檢體，併同衛生福利部依規定啟動相關防疫機制，避免污染我國海洋生態及保護國人健康。