審計部調查發現，行政院推動食品雲相關計畫，建置雲端化之食品追溯追蹤系統，惟對於業者應建立自身之追溯追蹤資料，未強制採電子化方式辦理，又雖規劃以電子發票勾稽追蹤非食品級化學添加物流向，惟開立電子發票業者比例仍低，影響食品雲後續資料取得及風險品項即時追蹤溯源效果，經函請行政院督促權責機關研謀改善，業於食品安全衛生管理法納入相關規範，將改善食品雲追溯追蹤成效。
行政院為因應國內層出不窮之食安事件，先後指示經濟部、農業委員會及衛生福利部，自民國（下同）100年9月起分期推動食品雲相關計畫，建置雲端化之食品追溯追蹤系統，期透過資訊透明化及系統勾稽功能，防範有害物質進入食品供應鏈。經審計部調查發現，食品雲上線後，業者上傳資料多屬自願性質，復因法規對於業者應建立自身之追溯追蹤資料，可採書面而未強制以電子化方式辦理，影響食品雲資料之取得及風險品項即時追溯追蹤效果；又雖規劃以電子發票進行勾稽非食品級化學添加物之流向，惟電子發票並非強制性措施，且102年度實際開立電子發票營業人占應開立發票者僅約3.87％，推估其中屬食品業者之比例自當不高，難以有效發揮勾稽功能，經函請行政院督促權責機關研謀改善。
案經審計部追蹤改善情形，103年12月10日修正公布之食品安全衛生管理法，已明定中央主管機關得公告食品業者應以電子方式申報追溯追蹤系統資料，及公告食品業者應使用電子發票等規範，將改善食品雲追溯追蹤成效。另衛生福利部於餿水油事件爆發後，已公告食用油脂業者應自103年10月31日起將追溯追蹤紀錄上傳至食品雲，並自103年12月31日起強制使用電子發票。