審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)經運用電腦稽核軟體勾稽查核臺南市政府稅務局(下稱稅務局)辦理地價稅及房屋稅核課作業，發現有部分不符課徵田賦之土地及不符減免規定之房屋，而仍未改課地價稅或仍以優惠稅率核課房屋稅者，經通知加強稅籍之釐正及清查作業，稅務局已將臺南市審計處審核意見列入民國(下同)103年度稅籍清查作業計畫重點項目加強辦理，全年度清查結果較上年度增加稅收3,262萬餘元，有效提升稽徵成效。
財產稅為地方政府主要稅收來源，稅務局為提升稽徵效率、增裕庫收，並維護租稅公平，每年初均依財政部函頒之稅籍及使用情形清查作業細部計畫訂立當年度清查作業計畫，惟臺南市審計處101至102年度以各相關單位提供之電子資料，運用電腦稽核軟體勾稽查核稅務局地價稅及房屋稅核課作業，發現有部分課徵田賦之農地未作農業使用、農舍增擴建及與農業經營無關而仍未改課地價稅；另有依優惠稅率計徵地價稅及房屋稅之土地或廠房面積，逾越工廠登記面積等情事，經函請加強稅籍之釐正及清查作業。
經臺南市審計處追蹤查核結果，稅務局已加強稅籍清查工作，103年度地價稅清查補徵稅額4億1,500萬餘元，較102年度補徵稅額4億731萬餘元，增加769萬餘元；房屋稅103年度清查補徵稅額2億636萬餘元，較102年度補徵稅額1億8,142萬餘元，增加2,493萬餘元。