審計部查核發現交通部鐵路改建工程局（下稱鐵工局）辦理「花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化計畫」，未積極控管辦理期程提送修正計畫及基本設計，造成原核定直接工程費用不足，影響該計畫電力系統新建工程發包時程停滯約1年3個月，未達成民國（下同）102年12月底電氣化通車目標。經函請檢討改善，鐵工局已針對該計畫修正作業、趕工經費控管、工作車輛採購等研謀強化內控機制，減列未採購之26輛工作車經費3億4,600萬元，並按趕工計畫列管辦理未完成之各項工程。
鐵工局為提升東部鐵路運輸水準、平衡東西部鐵路運輸落差，自97年3月起，斥資254億2,900萬元推動本計畫各項工程，預訂102年底完成電氣化通車。經審計部派員調查發現，鐵工局於97年底已知原計畫所需直接工程經費不足，卻未積極控管辦理期程提送修正計畫及基本設計，致未及時完成修正計畫程序，造成原核定直接工程費用不足，影響本計畫電力系統新建工程發包期程停滯約1年3個月；未針對影響102年底通車之工程案件積極規劃辦理趕工協議，失去編列趕工經費實質效益；未覈實考量施工機具採購至交貨及配合通車所需施工期程，依提報需求數量積極規劃辦理工程車輛採購作業。截至102年底止，本計畫電力系統新建工程實際進度83.51％，未達102年底完成電氣化通車目標，經依審計法第69條規定通知交通部督促研謀改善。
案經審計部追蹤改善結果，鐵工局已按原訂趕工計畫於103年6月28日完成花東鐵路電氣化通車，並訂定「重大工程計畫控管機制及修正程序」，明訂計畫辦理期限及應評估檢討事項、依「公共工程趕工實施要點」檢討趕工經費控管機制、成立工作車輛採購小組，減列未採購之26輛工作車經費3億4,600萬元，並按趕工計畫列管辦理未完成之各項工程。