審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市轄內共37區，垃圾均採焚化處理，惟山上等11區仍以掩埋處理費率徵收，相同規費之費率一市二制，有欠公允，經通知臺南市政府環境保護局(下稱環保局)檢討改進。臺南市政府已公告自民國(下同)104年1月1日起，上開11區一般廢棄物清除處理費比照其他區域調為每度3.7元，每年可增加市庫收入1,536萬元。
前臺南縣依行政院環境保護署89年12月16日公告，隨水費徵收之一般廢棄物清除處理費採焚化處理者每度3.7元，採掩埋者每度2.9元。臺南市審計處於101年度查核發現，臺南市轄內共37區，各區垃圾均以焚化處理，其中已按用水量徵收之一般廢棄物清除處理費為每度3.7元者有26區，惟山上、柳營、左鎮、大內、學甲、北門、新營、鹽水、玉井、楠西及南化等11區仍沿循以往按垃圾掩埋處理之費率，每度徵收2.9元，經通知檢討改進。
案經臺南市審計處追蹤辦理結果，臺南市政府考量縣市合併後，全市廢棄物均採焚化處理，徵收費率應一體適用，業於103年12月12日公告，自104年1月1日起，上開11區一般廢棄物清除處理費調為每度3.7元，估計每年約可增加市庫收入1,536萬元。