審計部查核發現，國防部空軍司令部(以下簡稱空令部)與前聯合後勤司令部(以下簡稱聯勤，原負責中部地區航材裝備庫儲補給，民國100年1月1日改由空軍司令部接辦)辦理水湳機場飛機暨其零附件修護廠房及庫房遷建案，選址過程未周妥考量，復未管制期程，延宕遷建工程進度，經函請檢討妥處後，已研謀改進措施，管制進度，於民國(下同)103年11月底完工驗收。
國防部遵照行政院「台中水湳及清泉崗機場整體發展計畫案」，由空令部與聯勤於96至99年度辦理水湳機場飛機暨其零附件修護廠房及庫房遷建，計畫經費69億6,262萬餘元。經審計部查核其辦理情形，核有：1.空令部規劃飛機零附件修護廠房遷建基址之過程反覆；2.聯勤未詳實評估庫房新建基址是否符合都市計畫使用分區，復未依規定結合後勤支援任務妥適規劃選址，數度變更遷建場址，延宕工程進度；3.軍備局疏於督管整建期程，影響遷建進度等未盡職責及效能過低情事，經於102年6月函請國防部查明妥適處理。
案經國防部檢討結果，除議處相關失職人員外，並研提：1.建案單位未來應翔實評估用地需求及加強橫向聯繫，俾計畫用地與後續規劃設計期程契接，及強化營產資料管理，避免影響用地取得；2.賡續要求建案單位建案前應先完成用地相關資料調查，並以使用單位任務及營區共用為選址原則，於建築伊始即決定用地規劃，避免基地位址一再變更；3.已督管遷建工程，並於103年11月底完工驗收，暨責成各單位未來辦理工程案，應依執行節點及預算執行狀況，藉每月召開之檢討會，就進度落後各案之窒礙問題研謀解決方案，並管制作業情形，有效管控進度等改進措施。