審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現交通部民用航空局(下稱民航局)自民國(下同)83年起陸續辦理機場新(擴、整)建計畫，惟隨陸路之高(快)速路網建構完成，及96年高速鐵路全線通車後，部分航空站虧損情形有逐年增加趨勢。經促請妥為研處，業關閉屏東航空站及裁減18名員額等，並研採活化措施。
民航局為因應空運人數增長，自83年起陸續辦理臺南等5座機場新(擴、整)建計畫，總經費124億5,289萬餘元，於91至94年間完工啟用。經交通建設審計處查核發現，民航局為民航政策主管機關，惟未合理建構機場之最適規模，各機場營運未符經濟效益；遲未檢討航空站降等機制，研謀有效改善航空站營運模式，致部分機場營運持續惡化；部分機場設施使用率偏低，活化措施成效有限，經函請交通部及民航局檢討妥處。
嗣經交通建設審計處追蹤改善結果，交通部業關閉使用率過低之屏東航空站；業務量萎縮之航空站採人員出缺不補或調整人力，截至103年9月止已減列18名員額；民航局修正「交通部民用航空局所屬航空站等級區分標準表」，同時調整不符機場業務營運量之航空站等級；另將非核心勞務業務委外辦理，每年可節省198名人力，約660萬元；辦理機場降落費彈性優惠費率鼓勵開闢新航線或增加班次，及航廈空間出租經營等活化措施、同步提升機場空間使用效能，100至102年間國內各航空站營運收入(包括機場服務費等航空收入及航廈租金及權利金等非航空收入)，自33億5,953萬餘元增至40億8,177萬餘元，增加7億2,224萬餘元，逐年成長。